凝胶迁移或电泳迁移率实验(EMSA-electrophoretic mobility shift assay)是一种研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用的技术,适用于转录因子与启动子相互作用的验证性实验,主要是验证蛋白质与特定核酸序列的结合特性,从而间接推断已知蛋白质的靶序列或已知序列的结合蛋白质分子。可用于定性和定量分析。这一技术最初用于研究DNA结合蛋白,目前已用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。
探针设计合成-样本制备-预电泳-电泳-转膜-紫外交联-封闭-抗体孵育-洗脱-化学发光-结果分析
(1)核蛋白提取(核蛋白与细胞浆蛋白抽提试剂盒,详细步骤见试剂盒说明书)
(2)制胶 (1.5mm胶,大约30min胶会凝)
待胶完全凝固后120v预电泳1h,缓冲液用预冷的0.5×TBE。
(3)蛋白与探针反应(注:蛋白浓度1 μg/μl ,上样体积2 μl)
混合后室温放置25-30min。
(4)上样
预电泳完后马上更换预冷的电泳缓冲液,加4μl的6×上样缓冲液到样品混合液中,马上上样电泳,150v ,60min。
(5)电转移
将带正电的尼龙膜放入0.5×TBE中平衡10min。待电泳完成后将加有样品的整块胶取下电转。转膜缓冲液为预冷的0.5×TBE,300mA转印 30min。
(6)交联
转膜完成后将膜取出,于紫外灯下20cm处作用20min。
(7)封闭
将交联完成的尼龙膜取出放入洗净的孵育槽,用封闭液封闭20min。期间放于摇床上轻柔摇晃。(慢摇)。
(8)抗体反应
倒掉封闭液。用封闭液将抗体稀释300倍后,与膜完全作用30min。期间放于摇床上轻柔摇晃。(慢摇).
(9)洗脱
用1×的洗脱液清洗4次,每次10min。摇床速度加大。
(10)ECL发光检测:
将膜从洗脱液中取出,稍微吸干上面的液体,放入化学发光仪中,加上化学发光液,待反应1-2min后,吸尽多余的液体,开始化学发光。
4、图像分析(灰度比分析结果见EXCEl表格)
(1)新鲜组织,100mg以上,干冰运输
(2)细胞量要求为10^7以上,收集细胞沉淀,干冰运输
(3)抗体要求为EMSA级别,-20或者4℃运输
(1)基因信息、蛋白信息、物种信息
(2)转录因子特异性抗体