外泌体(Exosomes)是一种直径在40~100 nm的圆形单层膜结构,是细胞外泌囊泡中体积较小的一种。外泌体可被大多数细胞分泌,并分布于唾液、血浆、乳汁、尿液等体液中。外泌体中不仅包含蛋白质成分,还包括一些RNA成分,如微小RNA ( microRNA,miRNA)、长链非编码RNA和mRNA、环状RNA(circular RNA,circRNA)。外泌体所携带的这些RNA统称为外泌体来源RNA,具有完整的序列结构和生物活性。
常规的转录组分析仅通过Oligo (dT) 法对mRNA进行富集和分析,会导致包括环状RNA和相当比例LncRNA的丢失,无法准确、全面地反映真实的转录组信息。津科生物外泌体全转录组测序服务采用去核糖体的建库方案,同时检测样品中mRNA、LncRNA和环状RNA,获得全 面的转录组信息,进而针对不同类型的RNA进行表达分析,结构研究,变异研究以及新转录本的发现。
客户只需提供细胞,组织,体液或总RNA,津科生物为您完成从样品准备,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。
样本要求
(1)样品类型
细胞、体液、总RNA。其它类型样品请详询。
(2)样品量
a)血清:5 mL
b)血浆:5 mL
c)细胞上清:20 mL
d)体液:
唾液:15 mL
鼻涕:15 mL
尿液:100 mL
脑脊液:10 mL
e)外泌体总RNA 2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5; 无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 )
(3)样品运输及保存
样品运输:样品置于1.5mLEppendorf管中,封口膜封好,干冰运输。
样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;血液样品应使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。
1、差异表达mRNA/环状RNA/LncRNA筛选
根据高通量测序结果,筛选出(Fold Change≥2, P值≤ 0.05)差异表达mRNA/环状RNA/LncRNA。
注:Fold Change代 表差异程度,P值代 表差异的明显,筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整。
2、差异表达mRNA/环状RNA/LncRNA的聚类
3、差异表达mRNA/环状RNA/LncRNA的GO和信号通路分析
对差异mRNA/环状RNA/LncRNA的来源基因进行功能和信号通路富集分析,以便推断mRNA/环状RNA/LncRNA的功能。