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外泌体LncRNA测序

技术简介 


外泌体(Exosomes)是一种直径在40-100 nm的圆形单层膜结构,是细胞外泌囊泡中体积较小的一种。外泌体可被大多数细胞分泌,并分布于唾液、血浆、乳汁、尿液等体液中。外泌体中不仅包含蛋白质成分,还包括一些RNA成分,如微小RNA ( microRNA,miRNA)、长链非编码RNA(Long non-coding RNA,LncRNA)、mRNA和环状RNA(circular RNA,circRNA)。

LncRNA作为近几年研究火热的非编码RNA,其各种重要功能逐渐被发现,许多与ai症等恶性疾病密切相关。津科生物提供外泌体LncRNA测序,同时分析样品中全部外泌体来源LncRNA和mRNA,我们不仅为客户提供海量数据,更为客户甄别有效数据,提供出版级别经典图片。


津科优势


一站式服务

客户只需提供血清、血浆、体液或外泌体RNA,津科生物为您完成从样品准备,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 

专业化的生物信息学分析

津科生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求。


样本要求


(1)样品类型:

血清、血浆、细胞上清、体液或外泌体RNA样品。其它类型样品请详询。

(2)样品量:

a)血清:5 mL

b)血浆:5 mL

c)细胞上清:20 mL

d)体液:

唾液:15 mL

鼻涕:15 mL

尿液:100 mL

脑脊液:10 mL

e)外泌体总RNA 2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5; 无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 )

(3)样品运输及保存: 

样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 

样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;血液样品应使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。 


数据分析 (下列有※表示个性化分析)


1、差异LncRNA的筛选 

目的:筛选(Fold Change≥ 2,  P值≤ 0.05)两组或多组样品间的差异表达LncRNA。

注:Fold Change代 表差异倍数,P值代 表差异明显性,筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整

 

 

2、LncRNA靶基因共表达网络分析(CNC)※

利用LncRNA与mRNA的共表达关系,构建LncRNA-mRNA共表达网络图,帮助发现LncRNA的靶基因,并推断LncRNA的功能。

 

 

3、LncRNA靶基因集信号通路富集分析(LncRNA-GSEA)

筛选与LncRNA共表达的靶基因,然后通过GSEA分析发现这些靶基因参与的信号通路,发现LncRNA参与调控的主要信号通路,帮助确定LncRNA的功能。

 

 

4、LncRNA临近靶基因GO和信号通路分析

搜索差异LncRNA的临近基因,然后用差异表达的临近基因进行GO富集分析和信号通路分析,了解LncRNA对临近基因的影响,并以此推断LncRNA参与的生物过程、分子功能和细胞组分。

 

 

 

5、LncRNA-miRNA-mRNA关联分析※

一些LncRNA可以通过与miRNA结合,调节miRNA靶基因的表达。通过LncRNA-miRNA-mRNA关联分析,可以帮助推断作为miRNA海绵发挥作用的LncRNA以及作用机制。

 

 

6、LncRNA上游转录因子分析※

预测特定LncRNA上游的转录因子结合位点,帮助判定该LncRNA所受的调控机制。

 

 


外泌体LncRNA测序
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