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外泌体miRNA测序

技术简介



外泌体(Exosomes)是一种直径在40~100 nm的圆形单层膜结构,是细胞外泌囊泡中体积较小的一种。外泌体可被大多数细胞分泌,并分布于唾液、血浆、乳汁、尿液等体液中。外泌体中不仅包含蛋白质成分,还包括一些RNA成分,如微小RNA ( microRNA,miRNA)、长链非编码RNA和mRNA、环状RNA(circular RNA,circRNA)。外泌体所携带的这些RNA统称为外泌体来源RNA,具有完整的序列结构和生物活性。外泌体中大约含几百种miRNAs,通过外泌体miRNA测序,研究人员可获得与疾病相关的遗传特征(生物标志物),为将来肿瘤治疗领域通过液体活检来寻找有效药物。

 


津科优势


一站式服务

客户只需提供细胞上清、血清、血浆、外泌体RNA,津科生物提为您完成样品准备,文库制备,上机测序到数据分析的整套服务。

特异性富集miRNA片段

特异性富集和检测miRNA,miRNA有效数据高于其它公司提供的常规small RNA测序服务。

专业的生物信息学分析

津科生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户对数据各类深入的分析要求。


样本要求


(1)样品类型

细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。

(2)样品量

a) 细胞 2×107

b) 组织 100mg 

c) 体液:全血、血清、血浆 5 mL  

脑脊液 5 mL  

尿液  100 mL

      d) 总RNA 2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5,无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 28S:18S≥1.5或者RIN≥7)

(3)样品运输及保存

样品运输:样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输 

样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成5-10 mg的小块),可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后,-80℃保存,RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,样品保存期间避免反复冻融。


数据分析(下列有※表示个性化分析)


1、差异miRNA筛选与聚类筛选

两组或多组样品间的差异表达miRNA(Fold Change≥2, P值≤ 0.05)

注:Fold Change代 表差异程度,P值代 表差异的明显性,筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整。

 

 

2、miRNA靶基因预测

津科生物整合了TargetScan、mirBase、miRanda等权威miRNA靶基因预测软件,提供严谨可靠的靶基因预测数据,通过软件预测miRNA的靶基因,从而推测miRNA的生物学功能。

 

 

 

3、miRNA靶基因网络

构建miRNA靶基因网络。

 

4、miRNA靶基因GO和信号通路分析

miRNA的靶基因进行GO和信号通路分析,从而帮助推断miRNA的生物学功能。

 

 

 

5、miRNA-靶基因GO或靶基因通路网络分析 

利用miRNA靶基因及靶基因GO或信号通路分析,构建网络图,通过网络图可发现核 心miRNA以及miRNA调控的核 心基因功能。

 

6、miRNA上游转录因子分析

预测特定miRNA上游的转录因子结合位点,帮助推断该miRNA的调控机制。

 

7、新miRNA预测(脊椎动物)

预测尚未被发现的新miRNA。

 

 

 


外泌体miRNA测序
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