环状RNA(circular RNA,circRNA)是新发现的一类新型非编码RNA分子,其在真核细胞中的大量存在颠覆了传统的线性RNA观点,成为近两年来RNA领域中迅速升起的一颗新星。环状RNA的表达具有组织和疾病特异性,与组织发育、疾病的发生 发展密切相关。此外,环状RNA不易降解,能在血浆、唾液等体液中稳定存在,可以作为新型疾病分子标志物。当前,科研人员对这一功能性分子仍知之甚少,可见对其展开全 面深入的研究势在必行,一场科研的竞赛已悄然开始!
津科生物提供的环状RNA测序服务,采用Cloudseq CircRNA Enrichment Kit,去除样本中的线性mRNA和rRNA,保留纯化后的环状RNA,因此测序获得的环状RNA有效数据量是其他测序服务供应商远远无法企及的,帮助客户以较低的成本检测到更多的环状RNA。此外,Cloudseq CircRNA Enrichment Kit覆盖几乎全部已知物种,对环状RNA的研究将不再局限于人、小鼠、大鼠等常见物种。
(1)适用于任何物种
可以检测几乎任何动植物的环状RNA。
(2)适用于降解样品
可以检测部分降解的样品的环状RNA。
(3)有效数据量高
通过商业化kit富集环状RNA,极大地提高了有效数据比例。
(4)性价比高
能够以较低的成本检测更多的环状RNA。
(5)一站式服务
客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA,津科生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。
(6)专业化的生物信息学分析
津科生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求。
(1)样品类型
组织、细胞、体液或总RNA样品。其它类型样品请详询。
(2)样品量
a)细胞:2×107
b)组织:100 mg
c)体液:全血、血清、血浆 2-3 ml
脑脊液:5 ml
尿液:50 ml
d)总RNA:2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5 无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 )
(3)样品运输及保存
样品运输:样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输。
样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;血液样品应使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。
1、环状RNA的识别与注释
通过环状RNA高通量测序,采用严谨的生物信息分析学流程识别鉴定环状RNA,并根据他们在基因组上位置和数据库中来源进行注释。津科生物整合了来自文献、数据库的多个物种的环状RNAs,构成目前世界上较全的环状RNA数据库circDB,对环状RNA的来源进行了注释,并展示了环状RNA与疾病的关系,以节省耗时的文献查找和阅读。
2、差异环状RNA的筛选
按照预设的筛选标准(Fold Change≥2, P值≤ 0.05)筛选出差异表达的环状RNA。
注:Fold Change代 表差异倍数,P值代 表差异明显,筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整
3、差异环状RNA的聚类
4、差异环状RNA的来源基因的GO和信号通路分析
对差异环状RNA的来源基因进行功能和信号通路富集分析,以便推断环状RNA的功能。
5、环状RNA-miRNA相互作用网络※
通过环状RNA-miRNA相互作用网络分析,可以帮助解析作为miRNA海绵发挥作用的环状RNA的功能以及作用机制。